Esta especie tiene una muy baja tasa reproductiva, necesitan más de 10 años para alcanzar la madurez sexual y, cada pareja, sólo es capaz de criar un solo pichón, cada dos o tres años.

Sin embargo, en cautiverio, es posible aumentar su capacidad reproductiva, retirando el primer huevo de la temporada y dejando el segundo al cuidado de sus padres. Los huevos retirados de las instituciones zoológicas que forman parte del PCCA son incubados artificialmente en el Ecoparque de Buenos Aires.

Merece destacarse que el 100% de los huevos fértiles resultaron pichones nacidos y el 100 % de ellos fueron incluidos en programas de liberación en ambientes naturales.

Para ello, todos los pichones nacidos en el marco del programa son criados en aislamiento humano a través del uso de títeres de látex que representan a sus padres.

Pasados dos meses, los pichones son socializados junto a ejemplares silvestres, siempre manteniendo el aislamiento. Ellos permanecerán en estas condiciones hasta completar su plumaje juvenil, pardo ocráceo, lo cual logran a partir de los seis meses de edad.

A partir de ese momento estarán listos para ser incluidos en programas de liberación en todo Sudamérica. Hasta abril 2022, estableciendo un record mundial, el PCCA ha logrado incubar y criar en aislamiento humano 80 pichones de cóndor. Todos ellos fueron derivados para planes de conservación in situ.